종부세 1주택특례 (일시적2주택, 신청기한)

매년 9월 16일부터 30일까지 신청해야 1세대1주택자 특례가 인정된다는 사실을 모르고 지나치는 경우가 많습니다. 2026년 9월 기준으로 이 2주일을 놓치면, 신규 주택을 취득했거나 집을 상속받은 사람도 12억원 기본공제를 못 받고 그해는 그대로 다주택자 기준으로 과세될 수 있습니다. 제가 국세청 원문과 최근 세법 개정 내용을 직접 대조해가며 일시적2주택·상속주택·지방저가주택 세 가지 특례 유형의 요건과 신청기한을 하나씩 정리해봤습니다.

달력의 특정 기간에서 화살표가 이어져 집과 도장 찍힌 서류로 연결되는, 정해진 기간 안에 신청해야 특례가 인정되는 모습을 표현한 이미지

종부세 1주택특례, 신청기한부터 지금 확인해야 한다

매년 9월 16일부터 30일까지 신청해야 그해 종부세 1세대1주택자 특례를 인정받을 수 있습니다. 종부세(종합부동산세)에서 1세대1주택자로 인정받으면 기본공제가 9억원에서 12억원으로 늘어나고, 만 60세 이상 고령자·5년 이상 장기보유자에게 주어지는 세액공제도 받을 수 있습니다. 문제는 신규 주택을 추가로 취득했거나 집을 상속받은 경우, 원칙적으로는 주택 수가 늘어나 이 혜택에서 빠진다는 점입니다. 국세청은 이런 경우를 구제하기 위해 '1세대1주택자 판단 시 주택 수 산정 제외' 제도를 두고 있는데, 이 제도가 바로 오늘 다루는 세 가지 특례 — 일시적2주택, 상속주택, 지방 저가주택 — 입니다. 여기서 합산배제(요건을 갖춘 특정 주택을 애초에 종부세 계산 대상 주택 수에서 빼주는 것)와 이번에 다루는 '주택 수 산정 제외'는 이름은 비슷해도 서로 다른 제도입니다. 합산배제는 임대주택처럼 특정 목적을 가진 주택 자체를 과세표준 계산에서 빼는 것이고, 오늘 다루는 세 가지 특례는 원래 살고 있는 주택은 그대로 두되 추가로 생긴 주택만 '주택 수 계산'에서 제외해 1세대1주택자 지위를 유지시켜주는 제도입니다. 이 신청은 매년 9월 16일부터 9월 30일까지, 홈택스 또는 관할 세무서에 '1세대1주택자 주택 수 산정 제외 신청서'를 내는 방식으로 이뤄집니다. 최초로 신청한 다음 해부터는 조건에 변동이 없으면 다시 신청하지 않아도 계속 적용되지만, 첫 신청을 이 기간에 놓치면 그해는 꼼짝없이 다주택자 기준으로 과세됩니다. 이 신청은 매년 발송되는 종부세 정기 고지서와는 별개 절차로, 고지서를 받고 나서 신청하는 게 아니라 고지서가 나오기 전인 9월에 미리 신청해 둬야 그 내용이 반영됩니다. 관할 세무서는 통상 과세기준일 현재 주민등록상 주소지를 기준으로 정해지며, 홈택스에서는 신고/납부 메뉴의 종합부동산세 항목에서 바로 접수 화면으로 들어갈 수 있습니다.

일시적2주택 특례, 신규주택 취득 3년 안이 기준이다

신규주택을 취득한 날로부터 3년이 지나기 전이면 일시적2주택 특례를 받을 수 있습니다. 일시적2주택 특례는 기존 주택을 아직 팔지 못한 상태에서 이사나 다른 사정으로 새 집을 먼저 마련한 경우를 구제하는 제도입니다. 국세청 기준으로 과세기준일인 6월 1일 현재, 신규주택을 취득한 날로부터 3년이 지나지 않았다면 그 신규주택은 주택 수 계산에서 빠지고 기존 주택만으로 1세대1주택자 여부를 판단합니다. 여기서 중요한 건 '취득일' 기준이 계약일이 아니라 세법상 취득일(통상 잔금 지급일과 등기접수일 중 빠른 날)이라는 점입니다. 제가 관련 후기를 여러 건 찾아보니, 공통적으로 지적되는 부분은 매매계약을 체결한 날짜를 취득일로 착각해 3년 기산을 잘못 계산하는 경우였습니다. 계약일과 잔금일 사이에 몇 달의 시차가 있는 경우가 많아, 실제로는 3년이 이미 지났는데 계약일 기준으로는 아직 안 지난 것으로 오인하기 쉽습니다. 3년이 지나기 전까지 기존 주택을 처분하지 못하면 특례는 자동으로 사라지고, 그 시점부터는 두 채 모두를 합산해 과세표준을 계산하게 됩니다. 제가 국세청 안내를 직접 확인해보니, 이 특례는 별도의 처분 서약서 없이 과세기준일 현재 상태만으로 판단하되, 3년 기한이 지난 뒤에도 계속 두 채를 보유하고 있으면 그 이후 신청분부터는 특례가 적용되지 않는 구조였습니다. 특례를 한 번 인정받았다가 3년이 지나 기존주택을 처분하지 못하면, 그 시점부터는 별도 유예 없이 곧바로 2주택자 기준으로 재계산됩니다. 취득 사유는 일반 매매뿐 아니라 청약 당첨이나 경매로 마련한 경우도 똑같이 3년 기산이 적용되고, 신청할 때 기존주택을 처분하겠다는 계획서를 따로 낼 필요 없이 신규주택 취득 증빙만 갖추면 됩니다.

상속주택·지방저가주택도 특례 대상이 될까

상속주택은 5년, 지방저가주택은 공시가격 4억원 이하가 핵심 기준입니다. 상속주택은 상속이 개시된 날로부터 5년이 지나지 않았다면 지분율이나 공시가격과 무관하게 무조건 주택 수에서 빠집니다. 5년이 지난 뒤에도 계속 특례를 받으려면 지분율(상속으로 여러 명이 한 주택을 나눠 소유할 때 각자가 가진 소유 비중)이 40퍼센트 이하이거나, 소유 지분에 해당하는 공시가격이 수도권은 6억원, 수도권 밖은 3억원 이하여야 합니다. 두 조건 중 하나만 충족해도 되기 때문에, 지분이 크더라도 그 지분에 해당하는 공시가격이 낮으면 계속 혜택을 받을 수 있습니다. 지방 저가주택은 조건이 조금 다릅니다. 공시가격 4억원 이하인 주택이 수도권·광역시·특별자치시(단, 읍·면 지역은 제외)를 벗어난 지역에 있으면 대상이 되는데, 이 기준은 2025년 세법 개정으로 3억원에서 4억원으로 완화된 것입니다. 예외적으로 수도권에 속하더라도 경기 가평·연천군, 인천 강화·옹진군은 지방 저가주택 지역으로 인정됩니다. 지방저가주택은 일시적2주택처럼 3년이라는 처분 기한이 없다는 점이 특징인데, 대신 공시가격이 나중에 4억원을 넘어서거나 소재지 요건이 바뀌면 그 시점부터 특례를 받지 못하게 됩니다. 세 특례 모두 매년 9월 16일부터 30일까지 별도로 신청해야 그해 부과분에 반영된다는 점은 동일합니다. 상속받은 주택이 여러 채라면 그중 지분이 가장 큰 주택, 지분이 같다면 거주기간·연장자 순으로 정한 선순위 주택 하나만 특례 대상이 되고 나머지는 일반 주택으로 계산됩니다. 지방저가주택도 한 채를 넘어 여러 채를 보유하면 특례 취지에서 벗어난다고 보아 별도로 심사받을 수 있으니, 추가로 취득할 계획이라면 미리 세무서에 확인해보는 게 안전합니다.

특례 유형별 요건을 표로 비교해봤다

세 특례는 기간·공시가격·지역 기준이 서로 달라 표로 정리해야 헷갈리지 않습니다. 앞서 설명한 일시적2주택, 상속주택, 지방저가주택의 요건을 한 표에 놓고 비교하면 아래와 같습니다.

구분	일시적2주택	상속주택	지방 저가주택
기간 요건	신규주택 취득일부터 3년 미만(과세기준일 6/1 기준)	상속개시일부터 5년 미만은 무조건 인정	별도 기간 제한 없음(요건 충족 시 계속 유지)
공시가격 요건	없음	5년 이내는 없음, 5년 경과분은 지분해당 공시가격 수도권 6억원·수도권 외 3억원 이하	4억원 이하
지역 요건	없음	없음	수도권·광역시·특별자치시(읍·면 제외) 밖(경기 가평·연천, 인천 강화·옹진은 예외 포함)
기한 경과 후	3년 초과 시 특례 소멸, 기존주택 처분해야 유지	5년 경과해도 지분율 40% 이하면 계속 유지 가능	기간 제한이 없어 요건 유지되는 한 계속 적용
신청서류	신청서, 신규주택 취득 증빙(등기부등본 등)	신청서, 가족관계증명서 등 상속 관련 서류	신청서, 공시가격·소재지 확인서류

이렇게 나란히 놓고 보니, 일시적2주택만 명확한 3년 처분 기한이 있고 나머지 두 특례는 공시가격이나 지역 요건으로 판단한다는 차이가 뚜렷했습니다. 세 유형 모두 매년 9월 16일부터 30일까지 신청서를 내야 하고, 필요서류는 유형별로 다르니 본인이 어느 특례에 해당하는지부터 먼저 확인해야 합니다. 표에는 담지 않았지만, 세 특례 모두 인정만 되면 1세대1주택자로서 받는 세액공제(고령자·장기보유) 적용 대상에도 포함된다는 공통점이 있습니다. 다만 요건을 입증할 서류가 유형마다 다르므로, 신청 전 관할 세무서나 국세상담센터(126번)에 본인이 준비한 서류가 맞는지 미리 확인해보는 것도 좋은 방법입니다.

제가 직접 계산해본 특례 신청 여부별 과세표준 차이

특례 신청 여부에 따라 과세표준이 최대 1.8억원까지 차이 났습니다. 과세표준(실제 세율을 곱하는 기준이 되는 금액)은 보유 주택의 공시가격 합계에서 기본공제를 뺀 값에 공정시장가액비율(공시가격 전체가 아니라 그중 일정 비율만 과세표준에 반영하도록 정한 비율)을 곱해 계산합니다. 2026년 9월 현재 공정시장가액비율은 60%, 기본공제는 1세대1주택자 12억원·그 외 9억원입니다. 계산 조건은 이렇습니다 — 1세대1주택자가 수도권 아파트 1채(공시가격 15억원)를 보유한 상태에서 지방 소형주택(공시가격 3억원)을 추가로 취득했다고 가정합니다. 위 기본공제와 공정시장가액비율 60%만 그대로 적용했고, 세부담 상한이나 재산세 공제 같은 세부 조정은 계산을 단순화하기 위해 반영하지 않았습니다.

케이스	조건	기본공제	과세표준
① 특례 미신청	2주택자로 간주(공시가격 합계 18억원)	9억원	(18억-9억)×60%=5.4억원, 세액공제 미적용
② 일시적2주택 특례 신청	3년 내 기존주택 처분 예정, 1세대1주택 인정	12억원	(18억-12억)×60%=3.6억원, 세액공제 적용 가능
③ 지방저가주택 특례 신청	신규주택이 비수도권·공시가격 4억원 이하 요건 충족	12억원	(18억-12억)×60%=3.6억원, 3년 처분 의무 없음

직접 계산해보고 나서야 케이스①과 케이스②·③ 사이의 과세표준 차이가 1.8억원(5.4억원-3.6억원)이나 벌어진다는 걸 체감했습니다. 케이스②와 ③은 과세표준 자체는 같지만, ②는 3년 안에 기존주택을 처분해야 유지되는 반면 ③은 처분 의무 없이 지역·가격 요건만 지키면 계속 유지된다는 점에서 실무적 부담이 다릅니다. 또한 세액공제(만 60세 이상 고령자·5년 이상 장기보유자 대상, 두 공제를 합쳐 최대 80%까지)는 1세대1주택자로 인정된 경우에만 적용되므로, 특례를 못 받으면 이 공제 자체가 통째로 사라진다는 점도 계산하면서 새삼 크게 느껴졌습니다. 다만 이 표는 기본공제와 공정시장가액비율만 반영한 단순화된 가정치이며, 실제 세액은 세율 구간과 세액공제율에 따라 달라지므로 개별 세액 판단은 국세청 홈택스 계산 서비스나 세무 전문가 확인을 거치는 것이 안전합니다.

저울 위에서 공제금액을 상징하는 동전 더미의 높이가 서로 다르게 기울어진, 공제 크기에 따라 과세표준이 달라지는 모습을 표현한 이미지

원문을 직접 확인해보니 기사와 다른 부분이 있었다

일부 기사는 기본공제 14억원을 이미 시행 중인 것처럼 다루지만 아직 아닙니다. 2026년 세제개편안을 다룬 여러 기사를 검색해보면 "1세대1주택자 기본공제가 14억원으로 오른다"는 문장이 마치 올해부터 바로 적용되는 것처럼 쓰여 있는 경우가 있었습니다. 그런데 관련 자료를 직접 대조해보니, 이 14억원(비거주 시 9억원) 기준은 2027년 6월 1일 과세기준일분부터 처음 적용되는 것으로, 아직 국회 입법 절차가 남아 있는 개편안입니다. 이번 9월 신청 대상인 2026년 6월 1일 과세기준일분에는 지금까지 설명한 대로 기본공제 12억원(1세대1주택자)·9억원(그 외), 공정시장가액비율 60%가 그대로 적용됩니다. 지방저가주택의 공시가격 기준(3억원→4억원 완화) 역시 이미 시행 중인 현행 규정이라 개편안과는 별개라는 점도 함께 확인했습니다. 제가 원문과 기사를 나란히 대조해본 이유는, 이런 시행 시점 착오가 실제로 신청 여부를 결정할 때 헷갈리게 만들 수 있기 때문입니다. 세제개편안 관련 보도를 미리 읽었더라도, 올해 9월 신청 시에는 현행 기준으로 판단해야 한다는 점을 다시 한번 짚어두고 싶습니다. 비슷한 착오는 지방저가주택에서도 나타났습니다. 2026년 세제개편안에는 대상 지역을 인구감소지역까지 넓히고 공시가격 기준을 6억~9억원까지 올리는 내용이 담겨 있는데, 몇몇 기사는 이를 지금 당장 적용되는 기준처럼 소개하고 있었습니다. 하지만 이 확대안 역시 국회 심의를 거쳐야 하고, 시행되더라도 2027년 이후 과세분부터 적용될 예정입니다. 올해 9월 신청에서는 지금까지 설명한 현행 기준(공시가격 4억원 이하, 수도권·광역시 밖)으로만 판단해야 한다는 점을 다시 한번 확인했습니다.

제가 자료를 찾아보며 느낀 점

세 특례의 요건이 제각각이라 본인이 어떤 유형에 해당하는지부터 따져봐야 한다고 느꼈습니다. 이번 특례 3종의 요건을 하나씩 대조해보니, 상속주택은 5년이 지나도 지분율 40% 이하면 계속 빠진다는 조건이 가장 자주 오해되는 부분이었습니다. 5년이 지나면 무조건 특례가 끝난다고 알고 있는 경우가 많았는데, 실제로는 지분율이나 공시가격 요건만 충족하면 5년이 훌쩍 지나도 계속 적용된다는 걸 원문을 보고서야 정확히 파악했습니다. 제가 검색 중 접한 여러 커뮤니티 글을 종합해보면, 지방저가주택 특례를 최근 화제가 된 인구감소지역 세컨드홈 특례와 헷갈려 신청 시기를 놓쳤다는 사례가 반복적으로 보였습니다. 두 제도는 소재지 조건도, 공시가격 기준도 별개인데 이름이 비슷하다 보니 혼동이 잦은 것 같았습니다. 제 생각엔 세 가지 특례 요건이 기간·지분율·공시가격으로 제각각이라, 신청 전 본인이 어느 유형에 해당하는지부터 표로 정리해보는 게 첫 단추라고 봅니다. 아쉬운 점은 신청서 자체는 홈택스에서 받을 수 있지만, 지분율이나 공시가격 계산에 필요한 증빙서류를 정확히 어디서 발급받는지는 안내문에 친절하게 나와 있지 않다는 것입니다. 저도 자료를 찾아보며 등기부등본과 공시가격 확인서류를 어디서 떼는지 따로 검색해야 했습니다.

📌 자료를 찾아보며 접한 흔한 사례

상황: 이사 목적으로 신규주택을 매매계약한 사람이 계약일로부터 3년을 기준으로 처분 계획을 세웠습니다.

결과: 실제 취득일(잔금일·등기일 중 빠른 날)은 계약일보다 몇 달 늦었고, 그만큼 3년 기한 계산도 뒤로 밀려 처분 시점을 다시 조정해야 했습니다.

교훈: 일시적2주택의 3년 기산은 계약일이 아니라 세법상 취득일이 기준이므로, 등기부등본상 접수일부터 다시 확인해야 합니다.

정리 — 9월 16일부터 30일, 이 기간을 놓치면

9월 16일부터 30일 안에 신청해야 그해 특례가 인정되고, 놓치면 1년을 기다려야 합니다. 일시적2주택은 신규주택 취득일부터 3년 미만인지, 상속주택은 상속개시일부터 5년 미만이거나 지분율 40% 이하·지분해당 공시가격 요건을 충족하는지, 지방저가주택은 공시가격 4억원 이하에 수도권·광역시 밖 지역인지부터 확인해야 합니다. 앞서 계산해본 것처럼 특례 인정 여부 하나로 과세표준이 1.8억원 차이 나고, 세액공제 적용 여부까지 갈리기 때문에 서류 하나 챙기는 수고가 결코 작지 않은 차이를 만듭니다. 다만 이 글에서 정리한 요건과 기준은 2026년 9월 현재 기준이며, 개별 세대의 정확한 대상 여부는 취득 시점·상속 지분·소재지에 따라 달라지므로 최종 판단은 국세청 또는 세무 전문가 확인을 거치는 것이 안전합니다. 신청 방법 자체는 홈택스 전자신청이나 관할 세무서 서면신청 중 하나를 고르면 되어 어렵지 않지만, 서류 하나를 빠뜨려 접수가 반려되면 그해 신청 기회를 통째로 놓치게 됩니다. 9월 16일이 오기 전인 지금, 본인이 보유한 주택이 어느 특례에 해당하는지부터 확인해두는 것이 실무적으로 가장 먼저 할 일입니다. 혹시 세 유형 중 어디에도 정확히 들어맞는지 판단하기 어렵다면, 국번 없이 126번 국세상담센터나 관할 세무서에 미리 전화로 확인해보는 것도 신청 기간을 놓치지 않는 방법입니다.

📝 정보 메모
정보 기준일: 2026-09-02
참고 출처:
- 국세청 — 1세대1주택자 판단 시 주택 수 산정 제외 특례
- 국세청 — 합산배제 및 과세특례 신고 안내
- 국세청 홈택스
세율·공제금액·기한 등은 세법 개정에 따라 바뀔 수 있으니 신청 전 공식 채널에서 다시 한번 확인하시고, 개별 세액과 요건 충족 여부는 세무 전문가 확인을 권합니다.

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